No Brasil, o controle de infecções hospitalares começou a ser aprimorado por meio da Portaria 196/83 do Ministério da Saúde. 
Em 1997, o Programa Nacional de Controle de Infecção Hospitalar é delineado pela Lei 9.431, que obriga os hospitais a criarem uma comissão permanente de controle das infecções hospitalares, e pela Portaria 2616/98 do Ministério da Saúde. Pela lei, as comissões permanentes devem ser compostas por representantes dos médicos, enfermeiros e da administração hospitalar. Nos hospitais de maior porte, também devem ser incluídos os representantes dos laboratórios de microbiologia e das farmácias hospitalares. Em 2000, um ano após a criação da Anvisa, apenas 12 estados brasileiros possuíam comissões estaduais de controle de infecção. No fim de 2002, os 26 estados e o Distrito federal já haviam reorganizado suas comissões. Pesquisa da Anvisa, realizada em parceria com a Faculdade de Saúde Pública da Universidade de São Paulo (USP) e divulgada em 2006, analisou a realidade funcional de 4.148 hospitais do país e revelou que 76% deles (3152) possuem Comissões de Controle de Infecção Hospitalar. A vigilância das infecções hospitalares é realizada em 77% das instituições (3194) e 49% dos hospitais (2012) desenvolvem programas permanentes de controle. Porém, apenas 33% deles (1356) adotam medidas de contenção de surtos.
Estudos internacionais revelam que a existência de um programa de controle de infecção hospitalar dentro dos serviços de saúde reduz em 30% a incidência desses agravos.
Segundo a Pesquisa da Assistência Médico-Sanitária divulgada pelo Instituto Brasileiro de Geografia e Estatística (IBGE) em 2006, no Brasil 4.578 estabelecimentos de saúde, com serviço de internação, possuem Comissão de Controle de Infecção Hospitalar, sendo 1.427 públicos e 3.151 privados.
